Die Gentechnologie verbraucht auch von der Öffentlichkeit häufig unterschätzte Mengen an Antibiotika. Hier werden Antibiotika-Restistenzen gezielt als Markergene in der Gentechnologie verwendet. Als Markergene werden sie deshalb bezeichnet, weil eine Markierung von genetisch veränderten Zellen erreicht werden soll.
Werden diese veränderten Zellen auf einen Nährboden gesetzt, der mit Antibiotika getränkt ist, sterben lediglich die Zellen nicht ab, die das Markergen aufgenommen hat und somit überlebt auch das Gen, das der Pflanze die gewünschten Eigenschaften geben soll.
Hier spielt die Antibiotika-Resistenz nur eine Rolle im technischen Bereich, allerdings werden inzwischen Befürchtungen laut, dass sich veränderte Pflanzen und Bakterien zu einem horizontalen Transfer austauschen könnten. Diese Übertragung ist sowohl auf Pflanzmaterial, auf Silage im Magen-Darm-Trakt des Menschen und durch Tiere möglich. Dieser Gentransfer wird von Fachleuten inzwischen nicht mehr ausgeschlossen.
