Das Heilfasten sollte in der Fastenklinik oder zumindest unter ärztlicher Kontrolle stattfinden. Auch sollte bedacht werden, dass diese radikale Umstellung der Nahrungszufuhr eine Veränderung des Stoffwechsels bewirkt und auch der Hormonhaushalt stark beeinträchtigt wird. Dazu gesellen sich nicht selten psychische Veränderungen. Aber auch sehr positive Veränderungen können festgestellt werden und dazu gehören eine erhöhte Konzentration und Aufmerksamkeit und ein insgesamt deutlich verbessertes Wohlbefinden.
Nebenwirkungen können sich in niedrigem Blutdruck, Müdigkeit und Schwindel, deutlich reduzierter Konzentration, Kälteempfinden und trockener Haut zeigen. Auch Mundgeruch und Menstruationsstörungen können ungewollte Nebenwirkungen sein, die sich aber im Verlauf des Fastens regulieren.
In langer Fastendauer findet eine Übersäuerung des Körpers statt. Durch die erhöhte Harnsäurekonzentration kann bei Menschen mit erhöhten Harnsäurewerten ein Gichtanfall auftreten.
Der Eiweißabbau im langfristigen Fasten kann zu einem gefährlichen Abbau von Muskelgewebe im Herzen führen, was sich gerade bei normalgewichtigen Menschen zu einem Problem ausweiten kann. Während übergewichtige Menschen zunächst Fettgewebe abbauen, findet bei Normalgewichtigen schneller ein Abbau von Muskelgewebe statt. So kann es letztlich auch zu Herzrhythmusstörungen und plötzlichem Herztod kommen. Menschen mit Herzerkrankungen sollten nur unter mit dem behandelnden Arzt festgelegten Bedingungen fasten.