Zusätzlich zur Humanmedizin haben Antibiotika auch in den Tierfuttermitteln Verwendung. Sie werden dort als Leistungsförderer bezeichnet und allein 15 Prozent der EU-weit produzierten Antibiotika werden in diesem Bereich verwendet. Somit sind gerade hier große Gefahren von Resistenzen zu befürchten, denn hier werden systematisch die Bakterienstämme behandelt, was eine Resistenz gegen ein Antibiotikum geradezu fördert.
Um dieser drohenden Resistenz zu begegnen, hat die EU seit 1998 nur noch vier Leistungsförderer zugelassen. Diese werden in der Humanmedizin nicht angewendet, trotzdem ist nicht auszuschließen, dass die Resistenz auf Antibiotika übergreifen kann, die in ihrer Struktur ähnlich sind. Ein generelles Verbot von Antibiotika als Hilfsmittel bei der Mast ist ein weiterer Schritt, der die Resistenz mindern soll.
Auch die Tiermedizin verwendet Antibiotika, die auch an lebensmittelliefernden Tieren verwendet werden. Allein im Jahr 1998 war ein Verbrauch von 1.000 Flouchinolone zu verzeichnen und von diesen gingen 120 t in die Industrie der lebensmittelliefernden Tiere. Das brachte eine deutlich steigende Resistenz der Bakterien gegen das Antibiotikum mit sich, das sich in der Humanmedizin als bedeutendes Reserveantibiotikum erwiesen hatte.
