Unterscheiden kann man die Nahrungsmittelallergie und die Nahrungsunverträglichkeit nur sehr schwer. Bei der Nahrungsmittelallergie reagiert das Immunsystem schon auf geringe Bestandteile im Essen. Im Regelfall sind es bestimmte Proteine, die eine Nahrungsmittelallergie hervorrufen. In diesem Fall werden vom Immunsystem Antikörper ausgeschüttet, die wiederum die Ausschüttung von Botenstoffen – beispielsweise Histamin – auslösen. Nasenjucken, laufende Nase oder auch eine Rebellion des Darmes können die Folgen der Nahrungsmittelallergie sein. Die Allergie tritt im Regelfall nicht nach dem Erstkontakt mit dem Lebensmittel auf.
Die Vorgänge im Körper bei der Nahrungsunverträglichkeit sind noch nicht komplett entschlüsselt. Hier wird vermutet, dass verschiedene Substanzen in der Nahrung die Botenstoffe stimulieren, die dann eine körperliche Reaktion auslösen. Das Immunsystem ist aber bei der Nahrungsunverträglichkeit nicht beteiligt und auch Antikörper werden vom Körper nicht produziert.
Eine genaue Klärung zwischen Nahrungsunverträglichkeit und Nahrungsmittelallergie kann nur der Test beim Facharzt liefern, da auch bei der Unverträglichkeit ähnliche Symptome wie bei der Allergie zu verzeichnen sind. Deshalb auch die vielen Verwechslungen und irrtümlichen Laiendiagnosen auf Nahrungsmittelallergien.