Wacholder hat stark harntreibende Eigenschaften und kann damit die Flüssigkeitsausscheidung des Körpers begünstigen. Dabei ist es in pharmakologischen Untersuchungen nicht nur belegt worden, dass der Harndrang durch die Pflanze angeregt wird, auch die Durchblutung der Niere kann mit Wacholder angeregt werden.
In der Schwangerschaft sowie bei Nierenproblemen oder -Erkrankungen sollte allerdings auf die Wirkung von Wacholder aufgrund seiner harntreibenden Eigenschaften nicht gesetzt werden.
Wacholder wird aufgrund seiner blähungstreibenden, leicht desinfizierenden und krampflösenden Wirkung gern in schwer verdaulichen und fettigen Speisen verwendet.