Die Nahrungsmittelallergie tritt im Regelfall direkt nach der Aufnahme des Lebensmittels auf, auf das der Organismus empfindlich reagiert. In der Regel verläuft der Erstkontakt mit dem Allergen symptomfrei, aber Antikörper werden bereits beim Erstkontakt mit dem Lebensmittel gebildet. Beim Zweitkontakt wird die entzündungsfördernde Substanz im Körper dann freigesetzt, was letztlich die Allergie und deren Symptome hervorruft. Nicht selten können Symptome eine örtliche Begrenzung aufweisen. Weitet sich die allergische Reaktion aber aus, dann ist durchaus auch eine lebensgefährliche Situation zu erwarten. Hier wird von Medizinern vom anaphylaktischen Schock gesprochen. Der allergische Schock zeigt sich durch einen starken Abfall des Blutdrucks. Auch die Herzfrequenz wird erhöht. Dabei erfolgt eine starke Verengung der Bronchien, die häufig mit starken Schwellungen und Ödemen im Bereich des Kehlkopfes begleitet sind und so gemeinsam lebensbedrohliche Auswirkungen haben können.
Allerdings verlaufen zu den Nahrungsmittelallergien auch Nahrungsmittelintoleranzen ähnlich, wobei diese keine immunologisch begründeten Hintergründe haben. Auch wenn diese noch nicht komplett erforscht sind, werden hier Enzymdefekte als Hintergrund für die Nahrungsmittelintoleranz vermutet. Bei der Milchzuckerintoleranz ist es beispielsweise das Enzym Lactase, das für die Verdauung fehlt. Die Verdauung der Lebensmittelbestandteile ist hier nicht möglich.
